Bossgegner sind sehr große und schwierige Gegner.
In Pikmin 2 und Pikmin 4 bilden sie in den Höhlen Endgegner, welche sehr wertvolle Schätze bergen. Sie besitzen eine eigene Musik, die immer abgespielt wird wenn sie auftauchen und erst endet, wenn sie besiegt sind.
Pikmin 1[]
Hier sind die Bossgegner nicht in Höhlen, da es keine gibt, sondern meist in kreisförmigen Arenen und sie besitzen oft ein Schiffsteil. Auch die Bossmusik gibt es noch nicht.
Pikmin 2[]
| Gebiet | Höhle | Bossgegner |
| Friedvolles Tal | Höhle des Ursprungs | kein Bossgegner |
| Mysteriöses Gebiet | Weberbauer (76) | |
| Grenzland Höhle | Fürstin Knollenauge (70) | |
| Wald des Erwachens | Schnappers Nest | Bauchiger Schnapper (70) |
| Weißer Garten | Gemeiner Schnapper (75) | |
| Höhle der Bestien | Fürstin Knollenauge (71) | |
| Reich der Punktkäfer | Fürst Knollenauge (73) | |
| Mythische Quelle | Spinnenburg | Perliges Langbein (72) |
| Versunkene Burg | Wassergespenst (78) | |
| Schlemmers Küche | Riesen-Saprophag (74) | |
| Duschraum | Blasebalgknaller (77) | |
| Land der Verheißung | Heldenheim | Weberwüterich (80) |
| Chaos-Kaverne | Segmentierter Harkolyth (79) | |
| Bau der Träume | Titanarak |
Pikmin 3[]
In Pikmin 3 sind Bossgegner riesige, einmalige Gegner. Sie werden durch eine Filmsequenz angekündigt und besitzen für die Handlung wichtige Objekte. Nach erfolgreichem Besiegen erhält man außerdem von fast allen Bossgegnern je eine Frucht, die einzige Außnahme ist das Plasmagespenst.
| Gebiet | Bossgegner | Objekt | Frucht |
| Garten der Begegnung | Panzerfüssler | Datenarchiv | Milde Bestie |
| Eisöde der Verwirrung | Megalum | Captain Charlie | Heldinnenträne |
| Wald des Anfangs | Wühlmaul | Klapparchiv | Wässriger Titan |
| Fluss der Veränderung | Dornissenkönigin | Louie | Kerntresor |
| Garten der Begegnung | Schlammstampfer | Louie | Netzballon |
| Turm der Einsamkeit | Plasmagespenst | Captain Olimar |
Zusätzlich gibt es noch Minibosse. Diese besitzen zwar keine Filmsequenz, jedoch werden sie von der Bosskampfmusik aus Pikmin 2 begleitet. Diese Minibosse sind:
- Ein schwarzes zotteliges Langbein
- Ein weisses zotteliges Langbein
- Zwei Glubschgreifer
- Ein Gemeiner Schnapper
Minibosse sind ebenfalls einmalig, was bedeutet, dass sie nicht nach drei Tagen wieder erscheinen.
Ob die Zwiebelkrabbe ein Miniboss ist, bleibt fraglich. Wenn man eine besiegt, dann kommen Früchte aus dem Ungeheuer, aber der Gegner respawnt nach drei Tagen. Das tut aber nur die Zwiebelkrabbe aus dem Wald des Anfangs, die aus dem Garten der Begegnung allerdings nicht.
Pikmin 4[]
In Pikmin 4 sind die meisten Bosse wieder in Höhlen zu finden. Sie werden jedoch nicht mehr mit Filmsequenzen angekündigt wie im Vorgänger. Die meisten von ihnen müssen nicht zwingend für den Story-Verlauf besiegt werden.
Hauptbosse in Pikmin 4[]
Tarngel
Fürst Knollenauge
Schatzmander
Riesen-Saprophag- Wassergespenst
- Fürstin Knollenauge
- Disco-Langbein
- Schneeweißling
- Weberbauer
- König Knollenauge
- Dilabovum
- Urwolfshund
