Las batallas contra los jefes de Pikmin 2 cuentan con música propia que no suena explorando alguna zona:
Etapas de la música[]
Cuando el jefe esté haciendo algo en específico, la música puede cambiar:
Etapa normal[]
Cuando el jefe no esté haciendo nada, o tratando de buscar al jugador.
Etapa antes de atacar[]
Cuando el jefe esté apunto de realizar un ataque largo y poderoso la música se vuelve de suspenso, que no parará hasta que el jefe comience a realizarlo, o al derrotarlo. Suena cuando:
- El Bulbo emperatriz y el Patas Largas Furibundo sacuden a los Pikmin.
Etapa de ataque largo[]
Cuando un jefe realiza un ataque poderoso y largo, una música con buen ritmo y muy rápida empezará a sonar hasta que el jefe pare de atacar. Suena cuando:
- El Bulbo emperatriz y el Langostrejo segmentado ruedan.
- Arañator dispara bengalas mortales.
- El Patas Largas Furibundo pisotea rápido y furiosamente.
NOTA. Esta música es poco común en YouTube (casi nadie la graba).
Etapa de ataque corto[]
Un remix de una versión más corta de la música de ataque largo. Puede sonar de 4 maneras diferentes, y suena cuando:
- Tagarote escurridizo y encopetado aparecen desde debajo de la tierra.
- Bulbo emperador usando su lengua.
- Berberéchido urraca usando sus tentáculos.
- Espectro acuático (con rodillos) levanta el rodillo de adelante y lo impacta contra el suelo.
Etapa de sacudida[]
Cuando un jefe se sacude a los Pikmin que los atacan.
Chinche carroñera gigante[]
Es básicamente la música de un subnivel en el que se encuentre o se encontraba una Chinche carroñera gigante.
Espectro acuático (sin rodillos)[]
Cuando el espectro acuático pierde sus rodillos, intentará huir, y una versión bastante distorsionada de la primera parte de la etapa normal de la música normal de jefes empezará a sonar, aunque el principio es como si hubieras derrotado a uno. También se podrá oír una versión distorsionada dl número de armas que lleve en ese momento, la música sufrirá algunos cambios pero seguirá siendo la misma.
Antes de atacar[]
Cuando está a punto de usar una de sus armas sonará una música de mucho suspenso y de terror, que no para hasta que ataque.
=Atacando[]
Mientras usa una de sus armas sonará una diferente:
- Fuego: Música de terror en alto volumen.
- Electricidad: Música parecida al final de un espectáculo.
- Agua: Música como de un acto de patinaje.
- Veneno: Versión más corta de una música de persecución.
Araña titán (sin armas)[]
Cuando la araña titán pierde todas sus armas, sonará una música que refleja la esperanza de rescatar a Luis.