El modo Misiones de Pikmin 3 contiene, como su nombre lo indica, tres distintas misiones con límite de tiempo, cada una con objetivos distintos. Dependiendo de la puntuación, es posible obtener desde una medalla de bronce hasta una de platino. Los resultados obtenidos se pueden comparar con los de otros jugadores alrededor del mundo.
Misiones[]
¡Recógelo todo! (Hispanoamérica)/¡Hazte con todo! (España): Juega en distintos escenarios, recolectando tesoros, frutas y criaturas dentro del tiempo asignado.
¡Derrota a los enemigos!: Derrota a la mayor cantidad de criaturas que haya en el escenario dentro del límite de tiempo.
¡Vence al ser colosal!: Enfréntate a los 6 seres colosales del modo Historia, desde el ciempiédulo acorazado hasta el plasmaespectro.