En Pikmin 3, se le da el nombre de ser colosal a las bestias más peligrosas del juego, las que normalmente se les conoce como jefes, es decir, criaturas que por lo general tienen gran tamaño, siguen un determinado patrón de ataque y que requieren de gran habilidad para derrotarlos. Enfrentarse a ellos es esencial para avanzar en el juego.
Según el orden en que son encontrados, los seres colosales de Pikmin 3 son: el ciempiédulo acorazado, la espectropolilla espejo, la babosa arenosa, el abejardo jefe, el islote zancudo y el plasmaespectro.
Ciempiédulo acorazado[]

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Es como un enorme ciempiés azulado, con grandes mandíbulas de cristal con las que puede atrapar a los Pikmin para después comérselos. Para vencerlo hay que romper su coraza con Pikmin pétreos, cuando tenga al menos una parte de la coraza rota hay que lanzarle los demás, asi se logrará hacerle daño.
Espectropolilla espejo[]

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Una enorme polilla bioluminiscente y que es capaz de hacerse invisible. Puede crear un vórtice con el que puede tragarse a los Pikmin y también puede sacudirse para expulsar esporas que los atontarán.
Se podrá vencer al usar a los Pikmin amarillos.
Babosa arenosa[]

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Recuerda vagamente a una babosa, de labios morados e grandes, tiene unas extrañas protuberancias de un color marrón oscuro por la espalda, su torso es regordete. Su piel tiene apariencia seca, es de color verde oscuro, tiene mejillas blancas y es de vientre claro. Puede lanzar rocas que podrá aplastar a los Pikmin y puede hacer agujeros en la arena para tragarselos.
Abejardo jefe[]

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Una enorme abeja que, con su ejército de Abejardos soldados, será capaz de atrapar a los Pikmin y matarlos.
Para vencerlo será necesario usar a los Pikmin alados.
Islote Zancudo[]

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Extraño ser que se asimila a una isla con piernas que podrá pisar a tus Pikmin y comerlos. Este posee 3 ojos y una especie de bulbo en la parte superior.
Se puede derrotar con cualquier Pikmin, pero los más recomendados son los Pikmin azules.
Plasmaespectro[]

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Extraño ser del que no se sabe mucho. Su exterior es dorado y es bípedo.
Para derrotarlo hay que destruir el plasma que soltará y, posteriormente, los núcleos de plasma de distintos tipos: agua, fuego, eléctrico y cuarzo, con Pikmin específicos.